Oddział powstał w 1983 r., po zmianie statutu Towarzystwa, przejmując członków, którzy nie należeli wówczas do innych oddziałów, a podlegali bezpośrednio Zarządowi Głównemu. W ciągu dwudziestu czterech lat samodzielnej działalności na terenie Małopolski oraz przyległych województw, gdzie nie działały inne oddziały, w pewnych okresach zrzeszał nawet ponad 1300 członków. Pomagając w organizacji innych oddziałów (w Kielcach, Częstochowie, Rybniku, Katowicach) przekazywał do nich stopniowo swoich członków. Jest nadal największym oddziałem działającym w ramach Towarzystwa, choć po ostatnich weryfikacjach i skreśleniach tych, którzy nie opłacali statutowych składek liczy nadal ok. 300 aktywnych członków.

Z pośród długoletnich działaczy, którzy w 1983 r. zakładali Oddział, nadal aktywnie pracują w Towarzystwie dr Maria Ogiegło-Orlińska, mgr Tomasz Wędrychowski oraz obecna Prezes Zarządu Głównego Towarzystwa – prof. dr hab. med. Krystyna Obtułowicz. Długoletnim stażem w Towarzystwie legitymują się między innymi wieloletni członkowie władz oddziału i Towarzystwa - mgr Maria Lewicka-Jagodzńska, mgr Małgorzata Paduszyńska. Nieco krócej, ale również bardzo aktywnie działają w Oddziale p.p. mgr Julita Nalewajska, mgr inż. Maria Podlaszecka-Znańska, mgr Katarzyna Dechnik, mgr Marian Suda i mnóstwo innych, których trudno tu wszystkich wymienić.

Od początku swojej działalności Oddział nastawił się na szeroko pojętą edukację członków, która następnie objęła także ogół chorych na schorzenia alergiczne. Od początku działalności z braku pomieszczeń i lokalu, a więc z powodu trudności w zbieraniu się członków, wydawane były co roku, a nawet dwa lub trzy razy w ciągu roku, komunikaty wysyłane pod adresy członków. Do komunikatów dołączane były różnorodne materiały edukacyjne, czasopisma (jak np. Alergia Astma) i poradniki wydawane przez Oddział - opracowywane przez lekarzy - członków Towarzystwa, a także kupowane lub pozyskiwane m. inn. od firm farmaceutycznych, które w ostatnich latach przykładają wielką wagę do edukacji pacjentów. Były to m.in. wydane przez Oddział w 1992 i 1994 poradniki: „Alergia pyłkowa” autorstwa prof. Krystyny Obtułowicz oraz „Astma oskrzelowa - postępy w diagnostyce i leczeniu”- autorstwa doc. Grażyny Czerniawskiej-Mysik, rozprowadzane były też poradniki autorstwa prof. Wacława Droszcza.

W latach 1992 - 1998 członkowie Oddziału zbierali kurz, co umożliwiało produkcję alergenu diagnostycznego i leczniczego przez Wytwórnię Surowic i Szczepionek BIOMED w Krakowie.

W 1995 Oddział zyskał osobowość prawną i zarejestrowany jest obecnie w Krajowym Rejestrze Sądowym pod nr 0000134040, posiada także REGON nr 351146192 oraz NIP 944 14 77 380

W roku 2005 Oddział uzyskał status organizacji pożytku publicznego, co odnotowano w Krajowym Rejestrze Sądowym pod w.w. numerem 0000134040.

W roku 2007 powstało pierwsze poza Krakowem Koło Krakowskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Zwalczania Chorób Alergicznych w Nowym Sączu z siedziba przy Poradni Alergologicznej Specjalistycznego Szpitala im.Jędrzeja Śniadeckiego, przy ul. Berka Joselewicza 6, 33-300 Nowy Sącz tel. 018 443 57 51- kontakty od poniedziałku do piątku w godz. 11,00-14,00.